Früher wurde der Fischotter einerseits von Pelztierjägern wegen seines besonderen Fells, andererseits als „Fischräuber“ intensiv verfolgt. Zudem galt sein Fleisch, wie auch das des Bibers, als „Fisch“ und durfte daher während der Fastenzeiten verzehrt werden.
Heute ist der Fischotter nicht mehr durch die Jagd bedroht, sondern vor allem durch die Zerstörung und Beeinträchtigung seiner Lebensräume, da der Mensch Bäche, Flüsse und Seen gravierend verändert hat.
Allerdings zeigen die Bemühungen des Gewässerschutzes erste Erfolge. Wo sauberes Wasser sowie strukturreiche und störungsarme Ufer und Auen mit einem reichen Nahrungsangebot zu finden sind, kehren Fischotter heute wieder zurück. Die Art ist somit ein Anzeiger („Indikator“) für naturnahe Gewässer.
In der Geesteniederung
Hier wurden Fischotter erstmals im Jahr 2007 wieder festgestellt. Eine gezielte Untersuchung im Rahmen des Geeste-Projekts offenbarte, dass die Art die Geeste inzwischen wieder von der Quelle bis zur Mündung besiedelt.
Eine akute Bedrohung bleibt allerdings der Straßenverkehr. Wenn Fischotter auf ihren nächtlichen Wanderungen Straßenbrücken überqueren müssen, können sie unter die Räder geraten. In Deutschland sind im Mittel von vier tot gefunden Fischottern drei überfahren worden.
Die Situation für den Fischotter nicht nur in der Geesteniederung weiter zu verbessern, dafür engagiert sich der BUND Bremen.
