Nach Ende der Stellungnahmefrist für die ergänzenden Unterlagen zur Weservertiefung sehen sich die Umweltverbände BUND und WWF in ihrer Kritik bestätigt. Die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung hat erneut wesentliche Fragen zum Bedarf und möglichen Alternativen nicht beantwortet. Um die Bauern in den Wesermarschen zu beruhigen, wurden dagegen umfangreiche Neuplanungen zur Vermeidung von Salzwassereintritt bei der Bewässerung der Marschen hinter dem Deich vorgenommen, ohne die ökologischen Folgen substanziell zu prüfen. Zudem hat die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung alles unternommen, um die Arbeit der Umweltverbände durch verzögerte Benachrichtigung, Beteiligung während der Sommerferien, Verweigerung des Zustellens der Unterlagen und Ablehnung einer Fristverlängerung zu behindern.
Zur Vermeidung erhöhter Salzeinträge in die Wesermarschen sollen grundlegende wasserwirtschaftliche Veränderungen vorgenommen werden. Die ökologischen Folgen werden allerdings weitgehend ausgeblendet, stellen BUND und WWF nach Durchsicht der Unterlagen fest. Zukünftig soll in weiten Bereichen gar nicht mehr mit Weserwasser zugewässert werden, wodurch die Fischwanderungen zwischen Fluss und Marschen stark erschwert würden. Vor allem aber würden Wasserchemismus, Wasserstände und Strömungsverhältnisse in den Tausende Kilometer langen Grabennetzen der Marschen links und rechts der Weser einschneidend verändert. Damit sind die Vorkommen vieler seltener Tier- und Pflanzenarten unmittelbar betroffen. Nach Einschätzung von WWF und BUND ist es fahrlässig und rechtswidrig, diese Lebensraumbeeinträchtigungen nicht einer tieferen fachliche Bewertung zu unterziehen. Die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung setzt damit den leichtfertigen Umgang mit Umweltanforderungen nahtlos fort, den sie im bisherigen Verfahren bereits an verschiedenen Stellen an den Tag gelegt hat.
Allerdings können die Naturschützer auch einen Erfolg verbuchen: die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung gesteht endlich ein, dass die Weservertiefung mit erheblichen Eingriffen in europäische Schutzgebiete verbunden sind. Und sie zieht daraus die Konsequenz, eine ökologische Kompensationsmaßnahme entsprechend den Forderungen von Nationalparkverwaltung und Umweltverbänden umzuplanen. Dennoch bleibt die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung die entscheidende Konsequenz schuldig, nämlich zu erklären, wofür die Weservertiefung überhaupt gebraucht wird, wenn mit dem benachbarten Jade-Weserport ein neuer Hafen extra für Großcontainerschiffe gebaut wird, das Bremerhavener Containerterminal auch ohne Vertiefung bereits aus allen Nähten platzt und zudem Bremen auf den Bau eines Mega-Kohlekraftwerks verzichtet.